Татьяна, здравствуйте. При правильном выполнении упражнений боль возникать не должна. Если болит именно в положении сидя, сменить положение. Прекратите упражнения на несколько дней, потом продолжите снова, но еще осторожнее.
А исчезновение варикоза - это интересный и приятный "побочный эффект" виброкушетки.